Избежать это можно изменив процедуру  Процедура глДвижениеДолгов()  в Г\М 

а именно после строки 

ТаблИтогов.Сортировать("+КредДокумент",1); // погашаем долги по ФИФО

добавить

 Попытка 
       Если Конт.ДокОснование.выбран()=1 Тогда
                       ТаблИтогов.ВыбратьСтроки(); 
                        йй=0;
                        Пока ТаблИтогов.ПолучитьСтроку()=1 Цикл
                                 йй=йй+1;  
                                Если ТаблИтогов.КредДокумент=Конт.ДокОснование Тогда   
                                           ТаблИтогов.СдвинутьСтроку(-1*йй,);  
                                           Прервать;
                                КонецЕсли;
                        КонецЦикла;  
        КонецЕсли;  
исключение
КонецПопытки ;